Die Photodynamische Therapie mit der MAOP-Creme und rotem Licht wird in aller Regel in einer oder in zwei kurzen Behandlungssitzungen im Abstand von einer Woche  in der Hautarztpraxis durchgeführt.

Zuerst entfernt der Arzt zunächst durch vorsichtiges Schaben mit einem geeigneten Instrument oberflächliche Schuppen und Krusten der Hautveränderungen.

Danach wird Creme auf die zu behandlenden Hautstellen aufgetragen. Der in der Creme enthaltene Wirkstoff MAOP (Methyl-[5-amino-4-oxo-pentanoat]) wird von der Haut aufgenommen und führt in den Hautzellen zu einer übermäßigen Bildung des körpereigenen Stoffes Protoporphyrin IX (PP9). Die Zellen werden so lichtempfindlich gemacht. Bösartige Zellen sind durch einen stark erhöhten Stoffwechsel gekennzeichnet, nehmen mehr MAOP auf und können daher viel mehr PP9 bilden. Sie werden dadurch im Vergleich zu gesunden Zellen extrem und selektiv empfindlich für rotes Kaltlicht.

Nach dem Auftragen werden die eingecremten Stellen mit einem luft- und lichtundurchlässigen Verband für drei Stunden abgedeckt. Diese Verdunkelung oder Abdeckung (Okklusion) der mit der Creme vorbehandelten Stellen ist notwendig, da MAOP ein lichtempfindlicher Wirkstoff ist und nur so eine optimale Wirkstoffanreicherung in den kranken Zellen gewährleistet wird. Patienten können in dieser Zeit z. B. im Wartezimmer verweilen oder Besorgungen erledigen.

Nach der Einwirkzeit wird die überschüssige Creme abgewischt. Dann folgt die Belichtung der vorbehandelten Hautpartien mit rotem Kaltlicht. Die Belichtungsdauer beträgt je nach Belichtungsgerät etwa 8 bis 12 Minuten (rotes Kaltlicht) oder auch länger.

Bei Basallzellkarzinomen und beim Morbus Bowen wird der komplette Behandlungsablauf nach einer Woche in einer zweiten Sitzung wiederholt.

Für den Ablauf bei der Behandlung von Aktinischen Keratosen gibt es zwei Möglichkeiten, für die der Arzt sich je nach Art des Befundes entscheidet: Entweder werden gleich von Anfang an zwei Behandlungssitzungen geplant und im Abstand von 7 Tagen terminiert, oder es wird zunächst nur eine Behandlungssitzung durchgeführt und der Arzt wir den Patienten in ca. 3 Monaten wieder einbestellen, um den Verlauf der Heilung zu begutachten. Wenn dann schon vollständige Heilung eingetreten ist, ist die Behandlung damit für den Patienten erledigt. Falls noch Reste der Aktinischen Keratose festgestellt werden, wird er dann eine zweite Behandlungssitzung durchführen.

Patienten berichten bei der Behandlung von einem gewissen Missempfinden, bis hin zu Schmerzen. Einige Patienten empfinden die Schmerzen auch relativ stark. Auftretende Missempfindungen oder Schmerzen sind allerdings als Zeichen für die Wirksamkeit der Behandlung zu deuten: Immerhin wird bei der PDT krankes Hautgewebe nachhaltig zerstört. Der behandelnde Hautarzt kann durch Kühlung, Schmerzmittel oder Unterbrechung der Belichtung die Durchführung der Photodynamischen Therapie individuell auf den Patienten abstimmen und Linderung schaffen.